El 23 de febrero de 1995, se crea mediante Decreto Presidencial Nº 570, el Programa de Modernización de la Administración Financiera del Estado (PROMAFE), con los propósitos de desarrollar e implantar el Sistema Integrado de Gestión y Control de las Finanzas Públicas (SIGECOF), así como, fortalecer las funciones de control del gasto público y de auditoría interna en los organismos públicos, mediante la creación de un órgano rector del control interno y la auditoría interna, para simplificar y automatizar los procesos de administración financiera.
La creación del mencionado órgano rector del control interno estaba prevista para la segunda etapa del Programa de Modernización de la Administración Financiera del Estado, una vez adelantadas las reformas de los procesos y la definición del marco legal, pero ese mismo año 1995 es promulgada una nueva Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, que entró en vigencia a partir de febrero de 1996. Esta Ley, por una parte, facultó a la Contraloría General de la República para decidir el cese de sus competencias de control previo de compromisos y pagos, conservando las verificaciones respectivas como responsabilidad de la administración activa, certificada en su cumplimiento por los denominados órganos de control interno o contralorías internas; por la otra, atribuyó directamente al Ministerio de Hacienda, hoy Ministerio del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior, las funciones de contabilidad que venía ejerciendo la Contraloría General de la República desde su creación. La misma Ley Orgánica de la Contraloría ordenó al Ejecutivo, crear en un plazo perentorio, la Superintendencia Nacional de Control Interno y Contabilidad Pública, que debía ser responsable de la orientación del control interno y la dirección de la auditoría interna, así como de ejercer las funciones atribuidas al Ministerio del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior en materia contabilidad. Todo ello obligó a modificar los objetivos del Programa de Modernización de la Administración Financiera del Estado, para cumplir los cometidos de la nueva Ley.
El mandato de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República de 1996, introducido sobre la marcha, en el proceso de sanción de la citada Ley, se inspiró en el modelo español de la Intervención General de la Administración del Estado, no obstante recibió críticas del propio organismo contralor, así como de especialistas en la materia, por reunir en la Superintendencia a crearse funciones de contabilidad, incluida la elaboración de balances y otros estados financieros, junto con las de control y auditoría interna, así como porque la integración al Ministerio de Hacienda limitaba la jerarquía e independencia técnica que debía tener el órgano, dadas sus funciones rectoras de control interno y los requerimientos de sus relaciones externas.
Los estudios adelantados por el Programa de Modernización de la Administración Financiera del Estado (PROMAFE) y los órganos rectores para la reforma de la Administración Financiera del Estado, así como el examen de las experiencias más recientes de derecho comparado, las propuestas iniciales de la Comisión de Reforma Fiscal de 1982 y de la Comisión Presidencial para la Reforma del Estado (COPRE) en 1984, determinaron la procedencia de separar ambas funciones. No obstante, para cumplir con el mandato de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, se creó la Superintendencia Nacional de Control Interno y Contabilidad Pública (SUNACIC), como un órgano de transición que si bien tenía atribuidas todas las funciones que ordenaba dicha Ley, las mismas estaban organizacionalmente separadas. Se trató cuidadosamente que el Reglamento sobre la Organización del Control Interno y la Contabilidad Pública, vigente a partir del 1 de enero de 1997, además de ser un instrumento útil para el proceso de transición, facilitara también en el futuro la separación de la rectoría de las funciones de contabilidad de las de control interno y auditoría interna. La SUNACIC tuvo a su cargo funciones de suma importancia en el cumplimiento de las responsabilidades de control previo por la administración, en la transición y en la implantación del nuevo sistema de contabilidad.
Sin embargo, la experiencia de integración al Ministerio del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior, y por otra parte la dependencia presupuestaria afianzó los requerimientos de jerarquía e independencia orgánica y funcional, acordes con la trascendencia y relevancia de sus funciones rectoras del control interno y las necesidades de sus relaciones externas.
Luego, con la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela, aprobada mediante el referéndum popular de 1999, se da un impulso definitivo a la reforma de la Ley Orgánica de la Administración Financiera del Sector Público y al Sistema Nacional de Control Fiscal, por lo que los estudios para dicha reforma, adaptados a los nuevos requerimientos del texto fundamental en la Ley Orgánica de la Administración Financiera del Sector Público Estado, promulgada el 05 de septiembre de 2000, desarrollan definitivamente la nueva concepción de la administración financiera del Estado y del sistema de control interno. Los sistemas básicos de administración financiera, como son: presupuesto crédito público, tesorería y contabilidad, se integran al Ministerio del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior, cada uno a cargo de un órgano rector y bajo la coordinación del Ministro del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior. El sistema de control interno se organiza en dicha Ley como un sistema integral e integrado a los procesos, bajo la responsabilidad de las máximas autoridades jerárquicas de los órganos y entes de la Administración Pública; se separan definitivamente las funciones de contabilidad y control interno, se crea el servicio de auditoría interna y los órganos de control interno se definen como unidades de auditoría interna.
Como órgano rector del Sistema de Control Interno y la auditoría interna, se crea la Superintendencia Nacional de Auditoría Interna (SUNAI), con potestad jerárquica, organizativa y reglamentaria para su titular, que, junto con la independencia presupuestaria, definen una autonomía funcional y administrativa para el ejercicio de sus funciones.
El 23 de septiembre de 2003, el Presidente de la República Bolivariana de Venezuela, Hugo Chávez Frías, dicta el Reglamento sobre la Organización del Control Interno en la Administración Pública Nacional, mediante Decreto Nº 2.621, publicado en Gaceta Oficial de la República Bolivariana de Venezuela, Nº 37.783, de fecha 25 de septiembre de 2003, en el cual se establecen las disposiciones relativas a la organización del control interno en los organismos de la Administración Pública Nacional, Central y Descentralizada funcionalmente.
La Superintendencia Nacional de Auditoría Interna (SUNAI), es un órgano del Poder Ejecutivo, que debe planificar sus acciones en función de los objetivos de la planificación estatal, y las políticas públicas, garantizar razonablemente la existencia de un Sistema de Control Interno eficiente que, además de resguardar los bienes públicos y verificar la legalidad de los procesos, proporcione un flujo de información cierta, real y oportuna a las autoridades de cada ente, para introducir los correctivos necesarios durante la ejecución y lograr la continuidad de las acciones, sobre la base de resultados de cada ejercicio.
El Sistema de Control Interno y la auditoría interna, constituyen mecanismos garantes del empleo de los recursos públicos en el cumplimiento de los fines del Estado y de los objetivos de las políticas públicas diseñadas para alcanzar esos fines y satisfacer las necesidades colectivas, así como de honrar los requerimientos de retroalimentación de los procesos para ajustarlos al entorno cambiante. Las funciones rectoras que la Ley Orgánica de la Administración Financiera del Sector Público confiere a la Superintendencia Nacional de Auditoría Interna (SUNAI) están dirigidas a esos objetivos, así como a lograr una rendición de cuentas acorde con el principio de responsabilidad, a proporcionar información a los entes públicos, así como al Presidente de la República, al Vicepresidente y al Ministerio del Poder Popular de Economía, Finanzas y Comercio Exterior, para que tomen las decisiones que les corresponden. Así mismo, conforme al principio de transparencia, debe proporcionar información pública, destinada expresamente por la Ley a los ciudadanos, para permitirles el ejercicio de sus derechos de participación y como medio de facilitación de la contraloría social. Para todo ello requiere capacidad de acción ágil y oportuna, en el ejercicio de las potestades que le confiere la Ley para el cumplimiento de sus funciones.